《闪电十一人GO》是《闪电十一人》系列的正统续作，故事设定在前作主角圆堂守带领日本代表队“闪电日本”赢得FFI世界大赛冠军的十年之后。主人公松风天马自幼崇拜圆堂守和闪电十一人，怀着对足球的无限热情考入雷门中学，并加入了雷门足球部。然而此时的足球部已被神秘组织“第五部门”控制，训练方式变得严苛而扭曲，甚至禁止使用必杀技。天马在这里结识了剑城京介、神童拓人等伙伴，逐渐发现第五部门试图通过“强化装置”操控球员，抹杀足球的快乐与自由。

为了夺回真正的足球，天马与伙伴们组建了新生雷门队，与第五部门展开激烈对抗。他们通过特训觉醒全新必杀技，在比赛中不断突破自我。随着剧情推进，天马等人还面临来自未来的威胁，以及“神之水滴”等神秘力量的考验。作品延续了系列热血、友情与胜利的主题，展现了新一代球员在逆境中成长，用足球连接彼此、改变命运的壮丽篇章。