《攻壳机动队：崛起2》延续前作剧情，草薙素子以公安九课少校身份执行任务。荒卷大辅指派她调查运输机被神秘并机事件，途中却遭到巴特率领的武装分子突袭。与此同时，全国交通网络与电子设备接连失控，危机迅速蔓延。

素子在混乱中追查幕后黑手，发现事件与自身过去的记忆和义体改造密切相关。她必须直面巴特等旧识的对抗，在信任与背叛之间寻找真相。影片以紧凑的节奏展现公安九课成立初期的动荡，深入探讨记忆、身份与人性边界，动作场面与哲学思辨并重，是攻壳系列承上启下的关键篇章。