《日本三国》以令和末期为起点，描绘全球核战后的日本惨状：大量难民涌入，病毒与大地震肆虐，苛政和饥荒引发暴动，国家体制彻底崩溃，人口锐减至原本的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期。日本分裂为“大和”“武藏”等多个割据势力，群雄并起。

主角少年三国志在乱世中成长，凭借智慧与勇气集结伙伴，对抗暴政与割据势力。动画以历史演义为骨架，融入科幻与末世元素，展现从废墟中重建秩序的热血征程。剧情围绕统一日本的目标展开，描绘权力斗争、生存挣扎与人性抉择，呈现一幅宏大而残酷的末世战国画卷。