《潘多拉的果实～科学犯罪搜查档案～Season2》延续第一季设定，以科学犯罪搜查班为核心，直面利用尖端科技实施的离奇案件。本季开篇，原是少年犯罪者的交通引导员别所突然变得凶暴，以超人般怪力惨杀五人后，像力竭一般当场毙命。这起看似超自然的事件，迅速引起科学犯罪搜查班注意。

室长小比类卷（藤冈靛饰）带领团队展开调查，顾问天才科学家最上（岸井雪乃饰）从别所体内检测出异常物质，刑警长谷部（中山裕介饰）则追查其近期接触的可疑人员。线索逐渐指向一种被称为“潘多拉的果实”的神秘药物，它能短暂激发人体极限，却以生命为代价。

随着更多类似案件浮现，搜查班发现背后隐藏着庞大的科学阴谋。有人在暗中散布这种药物，企图制造混乱。小比类卷与最上必须在科学与伦理的边界上做出抉择，而长谷部则从刑警直觉出发，追查真凶。本季在紧张悬疑的破案过程中，深入探讨科技滥用、人性贪婪与救赎可能，每个案件都像打开潘多拉魔盒，释放出希望与灾祸并存的真相。