《学园孤岛 番外篇》将镜头从正篇的生存危机转向平静的校园日常，聚焦私立巡丘学院高中里一群怀揣梦想与烦恼的少女。三年级学生窪田梢与篠原実咲正为参加影像比赛而忙碌，两人合作拍摄纪录片，在创作过程中不断碰撞想法，也逐渐加深了彼此的理解与羁绊。

与此同时，二年级的原田璃子等后辈也在校园中寻找属于自己的位置。她们面对学业、友情与未来的选择，时而迷茫，时而坚定。番外篇以细腻的笔触描绘少女们各自的烦恼与成长，展现她们在现实与理想之间摇摆、彼此扶持的青春群像。

本作延续《学园孤岛》的世界观，却以更温柔日常的视角，讲述那些未被正篇提及的校园时光，呈现一段关于梦想、友情与自我发现的成长故事。