《进击的巨人第三季》分为两部分，深刻改变了整个系列的格局。前半部分“王政篇”中，艾伦与调查兵团发现墙内人类的历史被王政府刻意篡改，希斯特利亚·雷斯作为真正王位继承人的身份浮出水面。为了夺回被中央宪兵团夺走的艾伦与希斯特利亚，调查兵团发动政变，在利威尔兵长的率领下与宪兵团、阿克曼一族展开激战。最终希斯特利亚加冕为女王，推翻了腐败的旧秩序。

后半部分“夺回玛利亚之墙篇”则迎来全篇高潮。调查兵团重返故乡希干希纳区，与铠之巨人莱纳、超大型巨人贝特霍尔德展开宿命对决。阿尔敏在绝境中智斗超大型巨人，埃尔文团长率新兵以生命为代价掩护利威尔击败兽之巨人。最终艾伦在“坐标”之力下唤醒无垢巨人反攻，成功夺回玛利亚之墙。然而胜利的代价极其惨重，阿尔敏濒死注射巨人化药剂后复活。当众人来到海边，艾伦指着远方说出“海的那边是敌人”，为后续篇章埋下沉重伏笔。