《深夜书店3之灵魂伴侣》讲述道士陆十一接管深夜书店后，发现现代人沉迷电子读物，书店管理困难。他意外与流氓刘铭及其团伙发生冲突，更不慎放出《倩女幽魂》书中的书灵。书灵以吸取人的精华来维持形态，逐渐危害人间。

刘铭沉迷网络游戏，竟将姐姐的美貌照片当作自己的网恋头像，引来不明真相的追求者。书灵借机附着于网络世界，通过虚拟情感诱骗他人，使受害者逐渐失去灵魂。陆十一必须一边应对刘铭的纠缠，一边寻找收服书灵的方法。

影片融合灵异、悬疑与喜剧元素，探讨现代人孤独与情感依赖。深夜书店成为连接现实与虚幻的入口，书灵象征虚拟关系对真实情感的吞噬。陆十一在守护书店的同时，也试图唤醒沉迷网络的人们，最终与书灵展开一场关乎灵魂归属的对决。