《史前巨鳄遗产》将故事设定在首部电影的数年之后。一群充满好奇心的年轻探险家决定深入一片被官方从地图上抹去的秘境，试图揭开隐藏在通电围栏背后的秘密。他们乘船穿越幽暗湖泊，最终抵达湖中心一座荒废已久的小岛。岛上矗立着一座破败的工厂，看似平静，实则暗藏杀机。

探险家们很快发现，这里正是恐怖遗产的源头——那些被认为早已灭绝的史前巨鳄依然存活，并且在封闭环境中繁衍壮大。巨鳄体型庞大、攻击迅猛，将闯入者视为猎物。随着探索深入，队伍成员接连遇袭，恐慌与猜疑在人群中蔓延。他们必须放下分歧，利用有限资源与巨鳄展开殊死搏斗，同时寻找逃离孤岛的方法。

影片延续了系列的惊悚氛围，通过幽闭的工厂通道、浑浊的湖水与突如其来的袭击，营造出持续的压迫感。巨鳄的每一次现身都伴随着血腥与绝望，而人类在食物链中的脆弱地位也被反复强调。最终，幸存者能否带着真相逃出生天，成为影片最大的悬念。