《大奥女将军与她的后宫三千美男》将故事背景设定在18世纪初的日本江户时代。当时一种名为“赤面疱疮”的怪病在岛内肆虐，患病者无一例外皆为男性，且无药可医，导致男性人口急剧减少，社会男女比例严重失衡。德川幕府统治下的日本，权力结构也因此发生翻天覆地的变化，女性逐渐掌握社会主导权，而将军之位也由女性继承。

居住在江户的旗本武士水野祐之进，因家族没落与生计所迫，不得不放弃武士身份，进入大奥——这座原本为将军后宫、如今却聚集了三千美男的神秘之地。大奥之内，女将军拥有绝对权威，美男们为争夺将军宠爱明争暗斗，权力与情欲交织成一张密不透风的网。水野祐之进必须在其中艰难求存，同时面对性别颠倒带来的身份困惑、情感挣扎与生存考验。

影片以独特的性别反转设定，探讨权力、性别与人性之间的复杂关系，既有历史剧的厚重感，又充满戏剧张力与情感冲突，展现出一个被疾病改写命运的世界中，个体如何寻找自我与生存之道。