《异度传说THE ANIMATION》改编自同名经典游戏，以宏大的科幻世界观展开。故事始于西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了名为索哈尔的神秘物体，随后对其展开研究。有人重建出所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO——即上位领域当中的红色波动存在——连结的连结实验。

然而，这场实验带来了灾难性的后果。从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球——游戏中所谓的“失落耶路撒冷”——几乎完全从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球，在星际间寻找新的生存空间。

动画围绕少年卯月紫苑展开，他怀揣着对失落地球的执念，与武装战斗机器人KOS-MOS等伙伴一同踏上旅程。在逃亡与探索的过程中，他们不仅要面对外星势力的威胁，还要揭开索哈尔、U-DO以及“神之语言”背后隐藏的巨大阴谋。作品融合了哲学、宗教与科幻元素，探讨人类存在的意义与命运。