小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行，某日，幻之宝可梦波尔凯尼恩从天而降，并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此展开。

在波尔凯尼恩的带领下，小智一行人来到了隐秘的宝可梦乐园“阿佐特王国”。那里沉睡着拥有神秘力量的机巧宝可梦玛机雅娜，它被称为“魂心”，是王国的至宝。然而，觊觎玛机雅娜力量的邪恶科学家贾维斯与盗贼集团出现，企图夺取这份力量来操控整个王国。

面对危机，原本讨厌人类的波尔凯尼恩为了守护重要的伙伴，选择与小智并肩作战。小智和皮卡丘也全力相助，与波尔凯尼恩、玛机雅娜一同对抗强敌。在并肩战斗中，波尔凯尼恩逐渐改变了对人类的看法，而小智也深刻体会到宝可梦与人类之间那份超越语言的深厚羁绊。最终，他们能否守护玛机雅娜，拯救阿佐特王国？