《机动战士高达NT》是高达系列宇宙世纪（U.C.）的重要剧场版作品，故事发生于U.C.0097年，紧接《机动战士高达UC》之后。在“拉普拉斯事变”结束后，两架独角兽高达被联邦政府秘密封印，新吉翁残党“袖章”组织也随之瓦解，人类似乎终于迎来了和平的曙光。

然而，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然重现世间。这台机体搭载了超越常识的“精神感应框架”，拥有足以颠覆世界秩序的力量。地球联邦军与残存的吉翁势力都对其虎视眈眈，一场围绕“凤凰”的争夺战就此展开。

主角约拿·巴修塔曾是“凤凰”的测试驾驶员，他与青梅竹马米谢儿·雷恩以及战友莉塔·贝尔纳尔之间有着深刻的羁绊。随着“凤凰”的现身，三人被卷入新的战火。约拿驾驶叙事高达追击“凤凰”，却发现驾驶舱内空无一人，而“凤凰”的行动似乎与莉塔的意识有关。影片通过高强度的机战场面和细腻的人物情感，探讨了战争、牺牲与灵魂归宿的主题，为宇宙世纪篇章增添了悲壮而动人的一笔。