《末日孤舰》第二季于2015年6月21日在TNT回归，本季共13集，比第一季多出三集。故事承接第一季，全球病毒爆发后，内森·詹姆斯号驱逐舰成为人类最后的希望之一。钱德勒舰长率领船员继续执行寻找病毒解药的任务，同时面临免疫者、敌对势力以及内部信任危机的多重挑战。

本季中，船员们不仅要对抗外部武装威胁，还要处理舰上日益紧张的人际关系。随着解药研究取得进展，各方势力对样本的争夺也愈发激烈。钱德勒必须在保护船员、完成任务与坚守道德底线之间做出艰难抉择。剧集延续了紧张的海上战斗与末日生存氛围，同时深入刻画角色在极端环境下的成长与牺牲。