《陨落星辰第三季》延续第二季结尾的紧张局势，故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后。查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，Tom Mason被推选为政治领袖，相当于总统职位。然而他并未安于办公室政务，大多数时间仍亲自率队外出执行任务，在战场与政坛之间艰难平衡。

本季中，外星入侵者进一步升级攻势，不仅地面战斗更加激烈，还出现了新的外星种族与神秘武器。查尔斯顿内部也并非铁板一块，政治派系斗争、资源分配矛盾以及对异己者的猜忌不断发酵。Tom Mason必须在应对外星威胁的同时，处理内部权力博弈，维系脆弱的人类联盟。

与此同时，第二独立团的战士们继续在废墟中寻找生存与反击的机会。Ben与Matt等年轻成员逐渐承担更重要的角色，而Hal、Weaver等老将也在战斗中面临新的考验。本季通过多条故事线交织，展现了人类在绝境中的勇气、牺牲与背叛，以及为夺回地球而展开的殊死抗争。